Enzima alostérica que regula a glicólise e a gliconeogênese catalizandoa tranferência do grupo fosfato do ATP para a frutose-6-fosfato formando a frutose-2,6-difosfato, um efetor alostérico para outra 6-fosfofrutoquinase, a FOSFOFRUTOQUINASE-1. A fosfofrutoquinase-2 é bifuncional: a forma desfosforilada é uma quinase e a forma fosforilada é uma fosfatase que quebra a frutose 2,6-difosfato gerando a frutose-6-fosfato.